其源流为东山溪，发源于海拔588米的耳空龟山东侧，先向东北后转北北西流经柞埤内、石硿子，至石门坑会合西南方流来之小坑溪，始称保长坑溪，续西北流经保长坑，于五堵注入基隆河。

保长坑溪流域上游西有北茄苳脚山，西南有四分尾山，南有展望峰、耳空龟山，东有姜子寮山、石门山，其中沿四分尾山南脊，经展望峰、耳空龟山至姜子寮山一带为汐止市与石碇乡、平溪乡之分水岭及交界；而姜子寮山北脊、石门山一带则为台北县与基隆市之分水岭及交界。

上游东山溪溪谷有东山瀑布，是夏日消暑的理想去处。