1985年3月，德州站除操车场上行场驼峰区道岔外，全部更换电动道岔，并采用6502大站电气设备集中控制，结束了人工扳道岔的历史。

2014年9月10日，德州站进行综合改造。9月11日，德州站原候车室停用，临时站房启用。11月10日，德州站临时站房关闭。

2015年，德州站一、二、三站台分别进行施工，第三站台雨棚、台面、护板等部分工程基本完工。

2018年1月18日，德州站一站台正式启用，标志着德州站客场改造工程全部完工。

德州站是一座中西风格混合的建筑，高翘的宫殿式屋檐与西式的屋脊、烟囱和谐地搭配在一起，周边点缀着生长多年的海棠；同时吸取了中国传统建筑形式的特点，将站房设计为大屋顶。平面为矩形，二层砖石结构，屋顶覆以红瓦，屋顶的主体为4坡顶，正脊的中间与当地居民的做法一样，置房形饰物以求吉祥。屋顶的两端沿正脊的垂直方向各出一歇山顶，形成“工”字形重檐的屋顶形式。屋顶檐口4翼按照清式做法出翘、起翘。整个建筑硕大，颇具气势，是当时中国铁路火车站中独具特色的一座建筑物；并且采用高大的拱式结构，壮观硕大，候车厅不设柱，苏联风格的建筑格局对称、方正，内部的力学结构比较新颖。

截至2017年11月，德州站站前广场总面积27000平方米，广场周边道路近1万平方米。德州站综合楼地上一层设有7个服务窗口和售票窗口。德州站新建客站主站房面积为9993平方米；新建进站天桥长10米；雨棚覆盖面积约1.6万平方米。

德州站站房由地下一层和地上两层组成，地下一层与车站广场地下工程相通，地上两层设候车厅和售票厅。新建站房南侧为公交换乘中心；售票厅北侧设有长途汽车站售票窗口。

德州站整体建筑分为A、B、C三个区域。

位于德州站候车室南部，包括地下出站厅、一楼南部商服区域、办公休息区域、一楼夹层、二楼办公及二楼夹层办公及其他消防、机房等设备设施。

位于德州站候车室中部一楼、二楼候车区域。

位于德州站候车室北部，包括地下行包办理厅、一楼售票、公安制证、贵宾室、二楼商服区域等。

截至2020年，德州站站场规模为3台19线。途经该站的铁路为京沪铁路、石德铁路和德龙烟铁路。

截至2017年11月，德州站售票大厅设自动售取票机8台，自动取票机3台。

截至2015年8月，德州站建设了进站天桥，方便旅客进入站台。

截至2015年8月，德州站建设了地下停车场，为接送旅客车辆提供方便。

截至2015年1月，德州站推出“智波服务台”，方便旅客咨询，为老幼病残孕等重点旅客提供服务。凡持有铁路有效车票且行动不便的老人、病人和靠辅助器具才能行动的残疾旅客，可提前拨打“12306”进行预约，铁路部门将提供优先进站、便利出站，以及轮椅、担架等服务。此外，德州站还提供遗失品寻找服务，车站接到旅客寻找遗失物品的请求后，将积极与列车及相关车站进行联系，为旅客提供查找、招领、转送及保管遗失品服务。

截至2019年12月，德州站共布设4条公交线路。

2002年9月，德州站站前广场改造工程竣工，并在广场中部建设“九达天衢”石牌坊。“九达天衢”四字，集自唐代书法家颜真卿之传世碑帖，“神京门户”四字，集自明代书法家邢侗之传世碑帖。

德州站新站房启用后不仅在整体面积上增大，避免了旅客拥挤，而且提高了铁路运能，满足旅客出行的需要，提升了德州的城市形象。（《齐鲁晚报》评）