光绪十年(1884年)，沈瑜庆以恩赏主事入京候选。翌年，中顺天府举人，对副主考官翁同龢执门生礼；后因政见相同，两人交谊甚深。

光绪十二年(1886年)，沈瑜庆会试落第，以恩赏主事签分刑部广西司行走。其后，沈瑜庆因李鸿章的书信推荐，为江南水师学堂会办。翌年，升为江南水师学堂总办。光绪十八年(1892年)，刘坤一督两江，委沈瑜庆办宜昌加抽川盐厘局。由于经常往来武汉，深为湖广总督张之洞、湖北按察使陈宝箴所赏识，文酒欢会。同年十月，沈瑜庆把长女沈鹊应嫁给林旭。

光绪二十年(1894年)，张之洞移督两江，请沈瑜庆办督署总文案兼总筹防局营务处。是年，日本挑起中日之战。前方吃紧，两江为全国运输中枢，南北征调军队、将弁及饷械，文书往来繁忙，沈瑜庆均办理得有条不紊。未几，北洋海军全军覆没，沈瑜庆闻讯大为悲痛。其后，北洋海军残存将领萨镇冰等前来投靠，沈瑜庆在征得张之洞赞成后，委萨镇冰为吴淞总炮台官，沈寿堃为镇江总炮台官，曾嘉祥为江阴总炮台官，其他人亦作了安置。

光绪二十二年(1896年)，张之洞委沈瑜庆办皖岸督销局，驻大通。同年，刘坤一接督两江，以沈瑜庆办皖北督销局，驻正阳关。

光绪二十四年(1898年)，戊戌变法失败，沈瑜庆女婿林旭被杀。噩耗传来，沈瑜庆作诗《大沽舟中闻友人谈都下近事》悼念女婿、忧心国家，有句曰：“千钧系一发，狂澜欲转柁。濯濯少年锐，侧眼立颐朵。”又曰：“变故骨肉间，钩党方屠戮。士气既不伸，国势日以蹙。”从此抑郁非常。

光绪二十五年(1899年)，刘坤一委沈瑜庆办上海吴淞清丈工程局。翌年，义和团兴起，八国联军入侵北京。沈瑜庆与盛宣怀考虑到“东南半壁华、洋杂处，万一有变”，则“全局不堪设想”，因此“宜与洋人定约，租界、内地，各担责任”，以确保东南安定。2人遂致电联络湖广总督张之洞，沈瑜庆赶到南京见两江总督刘坤一，面陈看法，促成“东南互保条约”的签订。沈瑜庆还作为刘坤一的代表，在上海与各国领事签约。

光绪二十七年(1901年)秋，沈瑜庆任淮扬兵备道。是年乞假回闽，营生圹于福州北门义井，葬林旭夫妇于侧，题碣曰：“千秋晚翠(林旭号)孤忠草，一卷崦楼(沈鹊应词集名)绝妙词。”又曰：“北望京华，累臣涕泪；南归邱首，词女倡随。”

在淮扬兵备道任上，沈瑜庆办学堂、兴市政，设农事试验场，修马路以达板浦。光绪二十八年(1902年)，沈瑜庆护理漕运总督。翌年，兼代淮安关监督。时有英、德浪人，以洋旗包庇内地奸商，带私货闯关。沈瑜庆不畏洋人之威，据约拘其人货，交领事依例惩办。同年，沈瑜庆升任湖南按察使，未上任，改顺天府府尹。任上，沈瑜庆奏请修京城马路，请设测绘学校及丈量学堂，请厘定度量衡制度，都得旨允行。

光绪三十一年(1905年)，沈瑜庆因得罪权臣袁世凯，被调任山西按察使。旋移广东按察使。

光绪三十二年(1906年)，沈瑜庆升任江西布政使。时两江总督端方以赈务为名，欲提江西布政司库银及关粮库款以济私，均被沈瑜庆依例拒绝。赣州有百姓聚众杀教士、毁教堂，总督欲派兵往剿，沈瑜庆与江西巡抚上疏奏止，妥善处理该事件。后新任江西按察使瑞澄为媚洋人，欲将此事交在沪的外国领事处理，被沈瑜庆阻止。

同年十二月，沈瑜庆护理江西巡抚。任上扩充江西方言学堂，改建罪犯习艺所，设立调查局以备宪政馆编制统计之用。是年，沈瑜庆寄信回榕，倡议重修西湖宛在堂，以祀明以来诗人，并捐千金为倡。

光绪三十四年(1908年)八月，新巡抚冯汝骙上任，沈瑜庆回任布政使。冯汝骙欲提库款办贡品，沈瑜庆坚决不肯。于是，端方、冯汝骙、瑞澄联合起来，勾结言官中伤沈瑜庆，沈瑜庆被罢职。

宣统元年(1909年)冬，沈瑜庆起复为云南布政使。宣统三年，调河南布政使，未上任，升贵州巡抚。沈瑜庆以贵州孤悬边鄙，远断声援，计划修建黔渝铁路，事未成而武昌起义爆发。沈瑜庆遂电请严惩武昌失守大员，并拟派兵援川，均不成。

后沈瑜庆引疾去官，到上海当寓公，与清朝遗老瞿鸿机、樊增祥、沈曾植等结诗社名“超社”，日以饮酒吟诗为乐。

民国4年(1915年)1月，沈瑜庆回闽扫墓，3月，致祭西湖宛在堂。此后，受聘为福建通志局总纂修，局设沈葆桢专祠内，实际事务都由副总纂修陈衍负责，沈瑜庆留在上海养老。民国7年10月6日，沈瑜庆卒于上海虹口沈家湾寓所，著有《涛园集》传世。

瑜庆娶郑葆中女郑某某。生子七、女八。

长子成鹄，字彦侯，配林则徐曾孙女、寿鼎女林锦嘉，字福东；次子成淮，夭；三子成式，字崑三，配林菊吟；四子成鳞，字素公，配陈同伟；五子成栋，字林策，配陈芷芳女林慕安；六子成武；七子成龙，殇。

长女沈鹊，又名鹊应，适林旭，光绪癸已解元，戊戌维新六君子之一；次女蘩应，适王孝缙；三女蘋应，适陈伯耿；四女织应，适蔡道锾；五女钟应，字含英，适刘崇鋐，字寿民；六女淮应，适郑礼庆；七女通应，适何孝元；八女清应，适郭则范。