1954年3月6日，绥远省与内蒙古自治区合并，撤销绥远省建制，绥远省陕坝专员公署随之划归内蒙古自治区。6月，陕坝专员公署改称河套行政区人民政府，为内蒙古自治区人民政府领导下的一级政权。

时辖五原县、临河县、安北县、狼山县、达拉特后旗、杭锦后旗、陕坝镇等4县2旗1镇。

市档案馆馆藏河套行政区时期档案产生于五十年代，共计42个全宗，8319卷。反映了建国初期巴彦淖尔地区经济社会文化发展历程，非常珍贵。因存放年代久和五十年代使用的油墨和纸张质量不佳，现河套行政区时期档案已开始出现字迹褪变、纸张变脆等情况。为抢救保护档案资源，市档案馆今年将对该部分档案进行数字化扫描，利用对扫描图像写真处理的方式还原部分已褪变字迹，在数字化处理后为利用者提供档案电子件，从而保护档案原件。为使避免扫描中出现漏扫、重扫和档案损坏等情况，今年2月份开始，市档案馆全体干部利用近4个月时间，加班、加点对河套行政区时期档案进行了除尘，并逐卷、逐件、逐页检查档案保存质量，编写页码，对装具不规范的更换装具。为下一步扫描抢救档案打好基础。