万历四十四年（1616年）努尔哈赤统一女真各部，建立后金，使蒙古各部感到威胁。于是林丹汗与明朝结盟，联手遏制努尔哈赤的扩张。努尔哈赤则利用各部落、氏族之间的矛盾，采取招抚、利诱、通婚、胁迫等手段，以分化蒙古各部，孤立林丹汗。天命四年（1619年），後金在辽河大败喀尔喀蒙古军，俘获喀尔喀、扎鲁特的多位头领以及明安之子桑噶尔。次年，后金将扎鲁特部头领色本释放，并让色本立誓：“若不感恩图报，殃及臣身。”天命六年（1621年），后金攻克明军驻守的沈阳，进而攻打辽阳。喀尔喀部乘机偷袭沈阳，试图营救被俘的斋桑诺颜，但被後金击败。于是喀尔喀部以人质、牲畜赎回斋桑。不久，喀尔喀部台吉古尔布什、莽古勒等率六百户投奔後金，努尔哈赤将其女嫁予古尔布什。此後，对林丹汗心怀不满的一部分喀尔喀、扎鲁特台吉投靠努尔哈赤。天命九年（1624年），科尔沁部首领奥巴向努尔哈赤称臣，首先归附後金。次年，林丹汗发兵讨伐科尔沁部，努尔哈赤命莽古尔泰、皇太极等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年），後金征巴林部、扎鲁特部，掠其人口、牲畜而归。

天聪元年（1627年），柰曼、敖汉二部归附後金。次年，喀喇沁部归附，皇太极发兵征察哈尔。之後，扎鲁特部归附后金。天聪四年（1630年），四子部落、阿噜科尔沁部归附。天聪六年（1632年）翁牛特部归附。四月，皇太极再征察哈尔，令喀喇沁、扎鲁特、敖汉、柰曼、翁牛特、巴林、科尔沁等部前来会师。但蒙古各部多不愿与察哈尔交战，兵马“多寡不齐，迟速亦异”，有的“仅以一旅从征”。五月，後金进军至归化城，林丹汗南渡黄河，逃往鄂尔多斯。後金俘获察哈尔数千人。次年，茂明安部、乌喇特部归附。天聪八年（1634年），林丹汗病死于大草滩，察哈尔、克什克腾部众相继归降。次年（1635年）四月，林丹汗之子额哲出降，献元代传国玺“制诰之寳”，察哈尔部灭亡。鄂尔多斯部、归化城土默特一并归降。天聪十年（1636年）四月，漠南蒙古各部王公台吉来盛京朝觐，奉皇太极为蒙古大汗。皇太极改国号为大清，改元崇德。置蒙古衙门统管蒙古事务，并派员前往归附的蒙古各部“查户口、编牛录、会外藩、审罪犯、颁法律、禁奸盗”。

天聪九年（1635年）察哈尔部灭亡，漠北、青海蒙古各部震动。漠北喀尔喀车臣汗硕垒及乌珠穆沁、苏尼特部落首先遣使入贡。崇德二年（1637年），青海和硕特部首领图鲁拜琥（顾实汗）遣使入贡。三年（1638年），改“蒙古衙门”为理藩院。定土谢图汗、车臣汗、札萨克图汗贡物为八匹白马与一匹白驼。次年，苏尼特部首领腾机思、阿巴噶部首领多尔济归附。

顺治九年（1652年），青海顾实汗导达赖喇嘛入觐。顺治十二年（1655年），居俄罗斯额济勒河（伏尔加河）之土尔扈特部首领书库尔岱青遣使入贡。康熙二十七年（1688年），准噶尔部噶尔丹入侵漠北，喀尔喀三部大败，土谢图汗、车臣汗、札萨克图汗部举族南迁，归附清朝，被安置于漠南边内。二十九年（1690年），噶尔丹领进兵至赤峰。清军在乌兰布通将其击退。噶尔丹退回漠北後，被其侄策妄阿拉布坦拒于科布多。三十年（1691年）五月，土谢图汗察珲多尔济、车臣汗乌默克、札萨克图汗成衮之子策旺札布、哲布尊丹巴呼图克图等赴多伦诺尔朝觐康熙皇帝。康熙皇帝封策旺札布为札萨克图汗。次年，理藩院将漠北喀尔喀三部编旗，授札萨克玺印。三十五年（1696年），清军三路出击噶尔丹，康熙皇帝亲率中路军进至克鲁伦河。噶尔丹西退，在昭莫多被西路清军击溃。三十六年（1697年），漠北平定，喀尔喀三部迁回故地游牧。

康熙五十五年（1716年），准噶尔汗策妄阿拉布坦派大策零敦多布领兵入西藏，次年攻占拉萨，杀死和硕特部拉藏汗。五十九年（1720年），清军将准噶尔军逐出西藏。雍正元年（1723年），青海和硕特部亲王罗卜藏丹津自号“达赖珲台吉”，举兵反清。次年（1724年），清军平定叛乱，将青海蒙古各部编为二十九旗，授以札萨克，不久设置西宁办事大臣管理青海。雍正九年（1731年），准噶尔汗噶尔丹策零偷袭科布多，在和通泊之战中大败清军，并进东至喀尔喀。十年（1732年），噶尔丹策零在光显寺之战中被清额驸策淩击败，退回准噶尔。

乾隆十年（1745年），噶尔丹策零死，诸子争立，准噶尔陷入内乱。十八年（1753年），原臣属于准噶尔的杜尔伯特部（绰罗斯氏）台吉车淩、车淩乌巴什、车淩蒙克率部归附清朝。次年（1754年），清军收抚阿尔泰乌梁海。同时，辉特部台吉阿睦尔撒纳被准噶尔汗达瓦齐击败，率部投奔清朝。乾隆皇帝认为消灭准噶尔时机已到。二十年（1755年），清军分两路出征准噶尔，进占伊犁，俘获达瓦齐，准噶尔汗国灭亡。不久，定边左副将军阿睦尔撒纳发动叛乱，伊犁失陷，定北将军班第自尽。二十一年（1756年），乾隆皇帝再度调集大军平叛，收复伊犁。二十三年（1758年），阿睦尔撒纳逃奔俄罗斯，不久染天花病死。次年，清军剿除了阿睦尔撒纳残部及“玛哈沁”，天山北路底定。

乾隆三十六年（1771年），土尔扈特汗渥巴锡由俄罗斯迁徙至伊犁，叩关内附。清廷以其部众为旧土尔扈特四路；以叛逃复归的土尔扈特台吉舍稜所属部众为新土尔扈特部。

清代蒙古各部的基本行政单位是旗，满语称为“和硕”。旗下根据人口数设若干“佐”，蒙古语称为苏木，相当于乡。佐以下有千户、百户、十户。外藩蒙古以一部或数部落为一盟。

旗盟的设置将原来自由游牧的部落纳入行政体制之中，使朝廷能够有效管理蒙古各部。各氏族、部落的游牧范围被限制在旗界以内，不得越界放牧和迁徙。如遇重灾之年，需由朝廷重新划给牧地。这样就避免了原先普遍存在的部落之间因争夺牧地而产生的纠纷和混战，抑制了动乱的发生。另一方面，朝廷在蒙古多封众建，使原来的汗、部长（部落首领）成为仅掌管一旗的旗长，不再拥有与朝廷对抗的实力。

外藩蒙古各旗长官为札萨克（扎萨克），即旗长，每旗置一人。札萨克掌管一旗政令，由原部落贵族中产生，可以世袭。札萨克下属官吏有：

协理台吉，每旗二人或四人，协助札萨克办理旗务。

管旗章京，每旗一人；副章京每旗二人。

佐领，相当于乡长。顺治十六年（1659年）定每一百五十丁置佐领一人。後增至二百丁或二百五十丁置一人。

参领，每六佐领置一参领。

骁骑校，员额同佐领。

千户，每千户置一人。

百长，每百户置一人。

什长，每十户置一人

内属蒙古不设盟，各旗直接隶属于将军、都统或驻札大臣。各旗长官为总管，综理一旗事务，由地方官员奏请朝廷补放。有些部落，如阿尔泰乌梁海，部分旗的总管由副都统、散秩大臣兼任。旗长为副都统者，称“副都统旗”；为散秩大臣者，称“散秩大臣旗”；为总管者，称“总管旗”。内属蒙古的佐领及以下官吏与外藩蒙古相同。

在外蒙古、唐努乌梁海和科布多，各旗由驻札大臣管辖。

外藩蒙古的盟由会盟习俗演变而来。清代内蒙古设六盟；外蒙古设四盟；科布多杜尔伯特设左右翼二盟，新土尔扈特设一盟；新疆旧土尔扈特设四路盟；中路和硕特设一盟；西套蒙古不设盟。各部落每三年一会盟，设盟长、副盟长各一人，于该盟所属各旗札萨克、闲散王公内简选。青海厄鲁特蒙古各部由西宁办事大臣主持会盟，不设盟长。盟的主要职能是对各旗札萨克进行监管，调解各旗间的纠纷，“清理刑名，编审丁籍”，另外还要检阅各旗兵马、武器。

蒙古札萨克之爵位有札萨克和硕亲王、札萨克多罗郡王、札萨克多罗贝勒、札萨克固山贝子、札萨克镇国公、札萨克辅国公、一至四等札萨克台吉（或一至四等塔布囊）。有爵位而非札萨克者，称为闲散王公、闲散台吉。

少数外札萨克可以保留名誉上的汗号，地位在亲王之上，分别是：

土谢图汗：喀尔喀土谢图汗部

车臣汗：喀尔喀车臣汗部

札萨克图汗：喀尔喀札萨克图汗部

杜尔伯特汗：杜尔伯特部（绰罗斯氏）

旧土尔扈特汗（卓里克图汗）：旧土尔扈特部

清太宗崇德八年（1643年），理藩院将原先对蒙古地区颁布的零散法规进行整理，编为《蒙古律书》，是清代第一部系统的蒙古法律。顺治、康熙年间，针对蒙古地区制定的礼仪、制度趋于完备。康熙六年（1667年），颁行《康熙六年增定蒙古律书》。康熙二十九年（1690年），《大清会典》编成，其中理藩院四卷，修订了清太宗以来颁行的蒙古律法，共计七十七条。乾隆二十九年（1746年）重修《大清会典》，理藩院部分增为五卷。乾隆三十一年（1766年），正式颁行《蒙古律例》十二卷，对蒙古各部的官衔、户口、差役徭役、朝贡、会盟、边防、刑名、断狱、喇嘛事例等做了详细规定。嘉庆年间，理藩院认为蒙古事务“较先增繁”，原有《蒙古律例》已不敷用，开始编修《理藩院则例》。嘉庆二十年（1815年），《理藩院则例》成书。嘉庆《理藩院则例》在体例上打破理藩院各司职能范围，改以行政事务划分篇目，成为後来续修的通例。道光三年（1823年），对《理藩院则例》重新修订，四年後告竣。光绪十六年（1890年），最後一次修订《理藩院则例》，增加了“捐输”一卷，共七十卷，于光绪十八年颁行。

蒙古各旗札萨克均须定期前往京师（北京）或热河觐见皇帝，称为年班。札萨克还须每年向皇帝进献贡物，贡物主要是牲畜及畜产品。例如外蒙古喀尔喀三汗每年的贡物为八匹白马与一匹白骆驼，谓之“九白”。作为回报，皇帝将内地出产的绸缎、瓷器与金银器赏赐给札萨克，价值通常超过贡品，至少与之相当。各部入贡的贡道有：山海关、喜峰口、古北口、张家口、独石口、杀虎口。

嘉庆二十五年（1820年），蒙古各盟、部、旗有：

1、哲里木盟

科尔沁部六旗：科尔沁右翼旗（科尔沁右翼中旗）科尔沁右翼前旗科尔沁右翼後旗科尔沁左翼旗（科尔沁左翼中旗）科尔沁左翼前旗科尔沁左翼後旗

扎赉特部一旗：扎赉特旗

杜尔伯特部（博尔济吉特氏） 一旗：杜尔伯特旗

郭尔罗斯部二旗：郭尔罗斯前旗、郭尔罗斯後旗

2、昭乌达盟（统属于热河都统）

敖汉部一旗：敖汉旗

柰曼部一旗：奈曼旗

巴林部二旗：巴林右翼旗、巴林左翼旗

扎鲁特部二旗：扎鲁特右翼旗、扎鲁特左翼旗

翁牛特部二旗：翁牛特右翼旗、翁牛特左翼旗

阿噜科尔沁部一旗：阿噜科尔沁旗

克什克腾部一旗：克什克腾旗

喀尔喀左翼部一旗：喀尔喀左翼旗

3、卓索图盟（统属于热河都统）

喀喇沁部三旗：喀喇沁右翼旗、喀喇沁左翼旗、喀喇沁中旗

土默特部二旗：土默特右翼旗、土默特左翼旗（附唐古特喀尔喀旗）

4、锡林郭勒盟

乌珠穆沁部二旗：乌珠穆沁右翼旗、乌珠穆沁左翼旗

阿巴哈纳尔部二旗：阿巴哈纳尔右翼旗、阿巴哈纳尔左翼旗

浩齐特部二旗：浩齐特右翼旗、浩齐特左翼旗

阿巴噶部二旗：阿巴噶右翼旗、阿巴噶左翼旗

苏尼特部二旗：苏尼特右翼旗、苏尼特左翼旗

5、乌兰察布盟

四子部落一旗：四子部落旗

茂明安部一旗：茂明安旗

乌喇特部三旗：乌喇特前旗、乌喇特中旗、乌喇特後旗

喀尔喀右翼部一旗：喀尔喀右翼旗

6、伊克昭盟

鄂尔多斯部七旗：鄂尔多斯左翼中旗、鄂尔多斯左翼前旗、鄂尔多斯左翼后旗、鄂尔多斯右翼中旗、鄂尔多斯右翼前旗、鄂尔多斯右翼后旗、鄂尔多斯右翼前末旗

清代蒙古社会的主要阶层有王公贵族、喇嘛、平民。王公贵族主要是有封爵的札萨克与闲散王公、台吉。呼图克图等大喇嘛及其所属的寺庙僧侣构成了喇嘛阶层。平民（蒙古语称为“阿拉特”）分为旗民（“阿勒巴图”）和寺庙属民（沙毕）。旗民即札萨克旗下所属百姓，又有苏木属民（“苏木阿巴勒图”）和农牧奴（“哈姆杰尔格”）之分。苏木属民没有土地所有权，在札萨克拨给的土地上游牧，向官府纳实物税、服劳役，未经允许不得迁出本旗。农牧奴是札萨克和闲散王公、台吉的私人家奴。在法律上，札萨克只能依靠朝廷发放的俸禄、养廉银和农牧奴过活。但是随著政治制度的废弛，札萨克经常通过篡改户籍、放高利贷等手段强占并隐匿苏木属民，或直接向其勒索税役。另外，经官府判刑的罪犯被充为奴隶，也成为农牧奴阶层的补充。

蒙古的喇嘛寺庙，通过接受朝廷赏赐、王公贵族的布施或直接向旗民勒索，聚集了大量土地、资财和属民，并享有免税权。活佛、喇嘛不事生产，专由寺庙属民供养。寺庙属民在蒙古语中称为“沙毕”（一作“沙比”，原意为弟子）。沙毕大多来自旗民，被札萨克献给活佛後便成为寺庙的私奴，不再归官府管辖。沙毕除了修建庙宇，为寺庙放牧、运输货物外，还要供给喇嘛去各种圣地朝拜。外蒙古哲布尊丹巴呼图克图拥有的属民众多，以至需要设立专门的沙毕衙门，并任命商卓特巴进行管理。由于官府对寺庙免税，而且越来越多的蒙古男子愿意出家当喇嘛，使更加沉重的税役负担转移到普通旗民身上。此外，寺庙喇嘛还利用其财产从事各种经营活动，如入股商号以及放高利贷。于是在一些大寺庙附近形成了商业圈，促进了城镇的发展。

逐水草而居的蒙古部落本无城镇。明嘉靖年间，土默特俺答汗为与明互市，在山西边外修筑了归化城（呼和浩特）。清代以後，随著汉民的大量迁入，归化城成为内蒙古最大的城市。雍正五年（1727年），中俄签订《布连斯奇条约》，确定中俄于蒙古北部的买卖城和恰克图互市。在西征准噶尔的过程中，清军又修筑了乌里雅苏台城、科布多城、鄂尔坤等城镇以资驻守。後来，在商贸、驻军和寺庙经济的推动下，位于土谢图汗部中旗境内的哲布尊丹巴呼图克图驻地大库伦成为外蒙古最大的城镇，并以库伦为中心，形成了连贯南北、东西的塞北商路。

清代初年，蒙古与汉地的贸易主要限于归化城、张家口和多伦诺尔三处。乾隆中期，随著漠北局势的稳定，汉商被允许到蒙古各地进行贸易。起初，朝廷对进入蒙古地区的汉商进行严格限制。汉商必须申领票照，票照对经商的地区、期限与允许的商品类别做出规定，违者给予罚没货物。汉商不得娶蒙古女子，汉人女子也不得进入蒙古。但是随著商品经济的发展，蒙古王公、喇嘛也从汉地货物中获得可观的利益，于是加入汉人商圈，或直接与汉人联营商号。同时，朝廷也越来越倚仗汉商的缴纳的税金，不得不放宽汉人经商的各种限制。汉人由山西北部右玉县的杀虎口到归化城一带经商，被称为“走西口”。由归化城向北至库伦，再到中俄边境的买卖城、恰克图，是蒙古最重要的商路。另一条商路由库伦向西，经乌里雅苏台城、科布多城、阿尔泰乌梁海到达中亚哈萨克地区。汉商得以沿著商路进入蒙古，从内地运来茶叶、绸缎、布匹、瓷器、面粉，再出口至俄罗斯；同时收购蒙古人的牲畜及毛皮制品，以及俄国的貂皮、金属制品。到清代中期，汉人商号已遍布蒙古各大城镇，控制了蒙古的商业和中俄贸易。在库伦，汉商建有自己的货栈、商铺和住宅，并大量租用寺庙的房屋，“把库伦变成为整个外蒙古的商业批发和零售中心”。

清代蒙古社会的主流信仰是藏传佛教，在文化上也深受藏族影响。在史学方面，较著名的有成书于道光年间的私撰史书《水晶鉴》和《宝贝念珠》。乌拉特中旗喇嘛金巴道尔吉撰写的《水晶鉴》，以藏传佛教格鲁派的世界观叙述了西藏、蒙古和汉地的历史、地理，以及佛教的传播和高僧事迹。《宝贝念珠》的作者噶尔丹，曾担任过土谢图汗部旗盟衙门的笔贴式。《宝贝念珠》以天地开辟为首，叙及印度和西藏王臣的起源，接以蒙古历史，对喀尔喀部历史的记述尤为详细。其他史书有罗卜藏丹津的《黄金史》、却札木苏的《金轮千辐》、纳塔老翁的《黄金数珠》、拉西彭楚克的《水晶念珠》等。清代蒙古史书除了继承前代西藏史籍的传统外，更多地利用汉文和满文史料，蒙、藏、汉、满之间的关系也成为史书中的重要内容。如《水晶鉴》中不仅收录了唐代玄奘取经的路线，还详细记载了蒙古各部归附清朝的具体时间和经过，以及清代前期的重大历史事件。这一时期蒙古史籍的另一特点是在书中列举参考和徵引书目，留下了丰富的蒙古文书目资料。

在考据之风盛行的清代，汉人学者也更加注重对蒙古历史、地理的研究。祁韵士的《皇朝藩部要略》、张穆的《蒙古游牧记》、何秋涛的《朔方备乘》是其中的代表作。晚清时期，中国学者接触到外国有关蒙古历史的著作，对于《元史》的研究也到达一个新的高度，出现了洪钧的《元史译文证补》、柯劭忞的《新元史》、屠寄的《蒙兀儿史记》（后二者均成书于民国初年）等重要著作。在文学艺术方面，汉文小说、诗词和京剧在蒙古社会上层产生了很大影响。清代的著名小说，如《聊斋志异》《红楼梦》等，成书不久就传入蒙古地区。清代后期的蒙古文学家尹湛纳希著有长篇章回体小说《青史演义》及《泣红亭》《一层楼》，并有诗稿传世。赛音诺颜部郡王车登咱巴尔收集的京剧、昆曲剧本众多，后世称之为“车王府曲本”。在民间文学中，出现了“巴达尔钦”和“巴朗僧格”的传说，一种名为“乌克”的评话开始流行，一些西藏和印度的民间故事也被吸收到蒙古文学中来。

清代蒙古流行的主要宗教是藏传佛教，其中以黄教（格鲁派）占统治地位。明末清初，红教（宁玛派）在蒙古式微，黄教迅速发展，并出现了两大转世活佛系统，即章嘉呼图克图与哲布尊丹巴呼图克图。清代大漠南北寺庙广布，以多伦诺尔的汇宗寺、固阳的五当召（广觉寺），库伦的甘丹寺（庆宁寺）最为著名。据粗略估计，清代末期蒙古男子出家当喇嘛的比例达到三分之一以上。在较为偏远的蒙古北部，仍有传统的萨满教信仰。

章嘉呼图克图、青海的敏珠尔呼图克图、西藏的噶勒丹锡哷图呼图克图与济咙呼图克图常驻京城，直接供职于朝廷，被封为国师、禅师，地位在雍和宫总堪布之上。

对于哲布尊丹巴等在原地游牧的大喇嘛，朝廷授予呼图克图、诺门罕、札萨克喇嘛等称号，统称为游牧喇嘛部落。游牧喇嘛以其主寺为中心，拥有大量土地和属民，在行政上独立于札萨克旗之外（他们和札萨克一样有治事权），被视为独立区域，俗称喇嘛旗。盛京边外的锡哷图库伦札萨克喇嘛、青海的察汉诺门罕是典型的喇嘛旗。

嘉庆、道光以降，清朝走向衰落，俄罗斯重新开始觊觎蒙古地区。同治三年（1864年），中俄签订《勘分西北界约记》，科布多西北的阿尔泰淖尔乌梁海二旗及唐努乌梁海部分地方被俄国割占。同治八年至九年（1870年）间，俄国又通过《乌里雅苏台界约》《科布多界约》《塔尔巴哈台界约》割占了部分蒙古游牧地区。

光绪末年，朝廷在蒙古地区垦荒设厂，推行新政，引起很多蒙古王公的不满。宣统三年（1911年），武昌起义爆发后，库伦的哲布尊丹巴呼图克图宣布外蒙古脱离中国独立。1912年，清军驻守的科布多被外蒙古军队攻占。

1921年，俄国布尔什维克党控制了唐努乌梁海，于1944年将其并入苏联。