天妃宫俗称妈祖宫，明代称为“娘宫”、“ 妈祖宫”、“ 娘妈宫”等，庙名也是地名。公元1563年（嘉靖四十二年），俞大猷剿倭胜利，扩建妈祖宫。

公元1592年（万历二十年），日本“锁国令”弛懈，倭寇侵袭沿海及澎湖。朝廷派兵围剿占澎的倭寇，大胜，都说是妈祖神佑，所以官兵及移民便再重建娘宫。或有一说，认为妈祖宫是这时才开始新建的。公元1624年（天启四年）清政府派人驱逐荷兰人，收复了澎湖，又改建妈祖宫而成为现今之貌。当时地名为“娘宫”。公元1682年（清康熙二十二年），福建水师提督施琅率领军队进攻澎湖，打败明军。当时施琅认为能进攻取胜，全靠妈祖显灵相助，于是奏请康熙皇帝加封。清庭据奏许准，并且特派礼部郎中雅虎专程来澎湖致祭，表示敬意。第二年，就正式加封为妈祖为天后。从此，妈祖宫又称为“天后宫”，地名“妈宫”。1920年日据政府改地名妈宫澳为“马公街”，从此“妈宫”成了“马公”。