第三层是褐色土，夹杂有一定数量的红烧土渣土质比上层硬，深50～80厘米。出土墓葬少于上层，房址多出现在该层，仍为半地穴式，有排列有序的柱洞。

第四层的土质为黄褐色。杂有零星的红烧土粒，质地比较松软，深90～135厘米。此层有少量的墓葬，有半地穴式建筑遗址，有大型的灰坑。

王因遗址出土的文物有陶器、骨器、牙器、角器、玉器等生活用具和装饰品。陶器物有钵形鼎、罐形鼎、盆形鼎、尊、罐、钵、豆、器盖、陶支座等。石器有石铲、石斧、石、石凿、石球、石纺轮等。其中出土的还有不少的动物遗髓和墓葬。

王因遗址发现大汶口文化早期墓葬899座。据放射性碳素断代并经校正，年代约为公元前4100一前3500年。墓葬多为长方形土坑，以单人仰身直肢葬为主，墓向朝东。而少数单人俯身葬者，墓向均不朝东，可能是凶死。合葬、二二次葬、“迁出葬”也占有相当的比例，合计约占发掘墓葬的20%。其中同性葬及多人合葬又是王因墓地的突出特点。死者生前拨除上侧门齿的较多。还有枕骨人工变形和因生前口含石球或陶球导致颌骨变形的现象。

王因遗址的下层出土的陶器多为夹砂红陶，制造较为原始粗糙，都是手捏制的，表面以素面为主，只有较简单的纹饰，烧成温度也不高。上层则出现了泥质磨光的细红陶，还有绘有精美图案的彩陶。彩陶图案是以矿物为颜料绘制的，多为黑、白、红色，构图严谨、色彩鲜艳。器型主要是鼎、杯等，其中鼎和杯是大汶口文化中颇具特色的两种陶。

王因遗址出土的也有精美的彩陶器，造型不甚规整，纹饰布不太严格，颜色以红、黑、白色为主，花纹以花瓣纹、勾连纹居多，也有山形、菱形、波浪形、三角形等花纹图案。有的口沿也施彩绘。

生产工具：生产工具最常见的是石铲，也有石爷、石凿、纺轮、石、石球等。石铲都有穿孔。

王因遗址出土的动物骨骼遗存数量相当惊人，用骨、角、蚌做成的工具和装饰品达千余件之多。在文化层与灰坑中出土的动物骨骼、蚌壳竟达万余件。有关专家对7000余件骨骼进行鉴定，确知这些动物骨骼分属于哺乳类、鸟类、爬行类、鱼类、贝类等42种。

王因遗址中的淡水蚌壳出土数量相当可观，贝类分属于丽蚌、樱蚌、尖脊蚌、帆蚌、予蚌等10个属26个种。不少蚌壳上有加工的痕迹，有的是把丽蚌壳面上突起的瘤结磨平，有的则是把扁平的帆蚌切割成一定形状的半成品，这说明当时的人们已用厚蚌壳体来制作器具。

王因遗址墓葬区是全国最大的史前墓地之一和发现墓葬最多的氏族公共墓地，其发现为研究史前生活习俗、埋葬方式、人类体质特征和史前环境提供了重要的实物资料。

王因遗址所反映出来的大汶口文化和北辛文化，对确立两种文化的传承关系，提供了非常关键的地层依据。

王因遗址第四文化层，为大汶口文化早期遗存，却未见基葬，这些发现为研究大汶口文化早期的社会结构及其意识形态诸问题，提供了大量的实物资料。

王因遗址中出土的生产工具、生活用具、墓葬随葬品以及亚热带动物遗髓等，为研究史前生活习俗、埋葬方式、人类体质特征和史前环境提供了重要的实物资料。这些发现大大丰富了北辛文化与大汶口文化的内涵，对于分析当时的社会发展状况有重要价值。

1985年，王因遗址被济宁市人民政府公布为市级重点文物保护单位。

1992年，王因遗址被山东省人民政府列为省级重点文物保护单位。

2006年5月，王因遗址被中华人民共和国国务院列为第六批全国重点文物保护单位。

从兖州县城区出发经过大禹南路、南环城路、省道104、崇文大道、黄王路、王因路到达王因遗址。

王因遗址位于山东省济宁市兖州区王因镇王因村。