琅威理表示，他来华任职，第一，须有调派弁勇之权；第二，须向英国海军部请假并获允准；第三，中国方面须与英国海军部商妥，将他在华服务年限作为海上服役年资，不能影响他在英国海军中的升迁。李鸿章请曾纪泽与英国海军部洽商，但海军部犹豫不决，一则是不愿其现役军官为中国训练军队；二则琅威理既为中国所聘，应该留职停薪，海上年资亦当暂停计算。此事陷入僵局。直到英国驻华公使威妥玛及海关官员赫德、金登干等人出面活动，才使事情有了转机。

经过三年的交涉，1882年秋天，琅威理来中国任职，头衔是副提督衔(英语：The Brevet Rank of Vice Admiral，名誉中将衔)北洋海军总查（他在英国的军衔是中校），负责北洋海军的组织、操演、教育和训练。琅威理治军严格，办事勤快，认真按照英国海军的条令训练，为海军官佐所敬惮。由于陆军出身的提督丁汝昌不懂海战，实际上琅威理肩负起北洋海军日常训练的全部事宜。他治军严明，办事勤勉，在舰队官兵中灌输英国海军的条令，风纪严肃。琅威理对北洋海军的操练倾注了大量心血，表现出很强的职业操守和责任感。而丁汝昌本人也认为：“洋员之在水师最得实益者，琅总查为第一”。

1884年8月，中法战争爆发后，琅威理因英政府宣布局外中立而回避去职，请假回国。

1885年，清政府组建海军衙门，李鸿章电请琅威理回华复职。

1886年1月，琅威理邀重返中国。此时他已升任英国海军上校，故月薪增至700两。

1886年5月，醇亲王

1886年7月，琅威理随北洋水师出国访问，8月停靠日本长崎，由于一些水兵和日本平民和警察发生冲突，长崎事件爆发，北洋水兵5人死亡、44人受伤、5人失踪。琅威理认为此时北洋海军实力远胜对手，力请对日本开战，但李鸿章拒绝了他的要求。

1887年3月，琅威理接受李鸿章的派遣，到英国和德国接收“致远”、“经远”、“靖远”、“来远”四艘快船。他以“靖远”为旗舰，升提督旗指挥，直至抵达厦门与丁汝昌会合[6]。1888年12月17日，清政府组建北洋舰队，以丁汝昌为提督，林泰曾为左翼总兵，刘步蟾为右翼总兵，琅威理则担任副统领。此期间琅威理一直希望全面控制舰队，但清政府并不信任他指挥舰队。舰员对他严厉的规定也颇有怨言，琅威理几度打算辞职回国，直到1890年3月，矛盾终于激化。

1890年初，北洋舰队停泊香港过冬，2月24日，提督丁汝昌率领部分海军出巡海南。3月6日，旗舰“定远”突然降下提督旗，升起总兵旗。按照《北洋海军章程》，舰队只设一个提督，两个总兵。提督之下，右翼总兵官衔最高。身为右翼总兵的“定远”管带刘步蟾下令升总兵旗，宣示代行指挥舰队。但琅威理认为虽然丁提督离职，但身为副提督的他在舰队中，理应继续升提督旗。刘步蟾不让步，于是琅威理电李鸿章请示。李鸿章暗示北洋舰队只有一个提督，没有所谓的“副职”。6月25日，北洋舰队抵达天津后，丁汝昌和琅威理面见李鸿章，谈及撤旗事件时，李鸿章支持刘步蟾的行动。琅威理对此非常愤慨，当场提出辞职。李鸿章接受了他的辞呈。琅威理返回英国后，宣传他在华受辱的经历，引起轩然大波。英国外交部甚至为此曾考虑撤回在华的所有英籍顾问。11月4日，英国政府拒绝李鸿章另聘英国人担任海军顾问的请求并撤回部分在华雇员，同时宣布不再接纳中国海军学生。

琅威理离开北洋舰队后，舰队训练日益松弛，军纪每况愈下。1894年8月，中日甲午战争爆发，北洋舰队几乎全军覆没。同年11月13日，清政府命赫德传谕琅威理迅即来华，以备任使，并选募洋员，酌带前去中国。但英国外交部认为在未得到中国的明确允诺之前，琅威理不能动身来华。此后，琅威理终未再得到来中国的机会。

1904年2月，琅威理获皇家海军授予海军中将军阶；1906年12月15日，琅威理在英国逝世。

北洋水师规模略具后，赫德重新推荐琅威理，李鸿章请驻英公使曾纪泽与之接洽。由于丁汝昌是陆营出身不熟悉海军事务，舰队日常训练任务多由琅威理主持。光绪八年（1882年）十月，琅威理受聘为北洋水师总教习，负责舰队训练，“颇勤事，为海军官佐所敬惮，中外称之”。他在军中日夜操练，“刻不自暇自逸，尝在厕中犹命打旗传令”，因治军严谨，在他的督带下，北洋水师操演认真，平时没人敢请假，亦无人敢出差错，北洋水师中流传了“不怕丁军门，就怕琅副将”的说法。在琅威理的严格要求和训练下，北洋水师军容顿为整肃，一时令各国刮目相看。

中法战争

光绪十年（1884年），中法战争爆发，因英国政府保持中立，琅威理为避嫌而去职，改由德国人式百龄担任总教习。中法战争后，清政府接受海战失利的教训，痛定思痛，决定大办海军，于十一年（1885年）九月初五日，成立中央海军机构海军衙门，所有水师系归其节制调遣。李鸿章遂电请琅威理回华复职，赫德等也极力恳劝，并请英国外交部代为敦促。琅威理要求在训练中采用英制，雇佣英人，并授予其训练全权，在得到李鸿章同意后，十二年（1886年）再度来华担任北洋水师总教习一职。同年四月，醇亲王大阅海军，因海军建设卓有成效，琅威理被授予海军提督衔，六、七月间，北洋水师巡游朝鲜洋面，转赴日本长崎，中国水兵与日人发生冲突，致使北洋水师官兵死五人，重伤六人。时琅威理力请对日开战，为丁汝昌劝阻。

远洋历练

光绪十三年（1887年），琅威理奉命前往英国验收“致远舰”、“靖远舰”、“经远舰”、“来远舰”等舰，随同前往接舰的管带有邓世昌、邱宝仁胶州湾军港等。

济远林泰曾镇远

西贡、新加坡、马尼拉，25日返回威海。丁、琅一同赴津，与李鸿章面谈撤旗事件。李鸿章认为“北洋海军官制只一提督、二总兵，提督去，自应总兵带”，琅威理于是愤然去职。这一事件也充分表明，外籍雇员同清政府仅仅是雇佣关系，他们没有获得更多的权利。

中国作为一个落后国家，在向近代化转化的艰难征途上，如何一面进行反控制的斗争，一面又努力汲取西方先进技术和管理方法，始终是一个更为重要又长期没有很好解决的课题。刘步蟾与琅威理的矛盾，除了指挥权之争外，从某种程度上也曲折反映了北洋海军内部对于严格管理的厌烦情绪。

事实上，早在1877年第一批进口炮艇来华后，北洋水师官兵已与外国雇员发生过类似冲突。李鸿章在给朋友的信中提到，聘请的外国军官不愿前来，“问其何以不愿，据云仅令教练而不假以节制擢陟之权，弁兵必不听令，断难进益。即以‘龙’、‘虎’两船原募各教习，皆以求退，因兵官以下，毫不虚心受教，炮船机器久恐废坏云云”。

组织者管理风格使得一些中国军官难以接受。刘步蟾、林泰曾等在英国多年，深悉交际和交涉的重要，看琅威理不过是客卿，并不是上级领导。所有闽籍管驾，皆拥护刘、林，是以琅威理上书李鸿章，提出“兵船管驾，不应专用闽人”，由此引发撤旗事件。事实上，确实有理由作此怀疑。自从《北洋海军章程》颁布后，琅威理岂会不知道舰队只有一个提督，而他自己不过是一个荣誉衔的顾问？如果在1890年2月24日丁汝昌离港到3月5日间，“定远”上依然飘扬着提督旗的话，6日刘步蟾的撤旗举动显然就是故意寻衅发难了。

尤为糟糕的是，琅威理走后，北洋海军的训练和军纪日益松懈，操练尽弛。军官争挈眷陆居，军士去船以嬉。每当北洋封冻，海军例巡南洋，率淫赌于香港、上海，更显得撤旗事件像是一场悲剧的开端。赫德后来幸灾乐祸地对金登干说：“琅威理走后，中国人自己把海军搞得一团糟。琅威理在中国的时候，中国人也没有能好好利用他。”这不能不说是中国近代海军发展史上的一个惨痛教训。随之而来的中日甲午战争，也进一步了证明中国海军训练长期废弛的教训。

作为对比，日本海军也是英国人一手训练起来的。皇家海军的英格斯上校为日本海军建设做出了很大贡献。英格斯本人回忆说，他在日本服役时，日本政府曾封赠他以贵族，使他能有足够的权力和地位，以与日本的高级将领接触。日本海军从英国人的教育中得到极大的好处。当他们认为有理由独立行走时，欧洲军官便体面地告退。而日本人“坚持走着他们在英国的指导下踏上的道路，他们不仅使舰队保持着英格斯离开时的面貌，而且更趋完善了。”

琅威理回国后，逢人诉说其在华受辱。光绪十六年8月18日，中国驻英公使薛福成电告邦交英国首相旅顺港服务的英国人诺加，宣布不再接纳中国海军留学生。中英之间的海军合作关系进入低潮。

光绪二十年（1894年）年底，甲午战争形势对中国极为不利，清政府邀请琅威理选募洋员回华助战。琅威理此时在英国得封港担任后备舰队指挥官兼“毁灭”号军舰舰长，统率着皇家海军后备队的38艘军舰。他对于邀请他重返中国大摆架子，公开的理由是英国宣布中立，他不能以现役军人身份前往中国，又不愿辞去现任的海军职务。只有在战后当英国政府许可时才可能前往。但私下却提出了中国政府难以接受的苛刻条件，如必须由皇帝以玺书形式颁给他海军最高职衔等等。他始终不忘撤旗事件之辱，清政府当然拒绝。

天津海关税务司德璀琳为李鸿章推荐了英国人马格禄为帮办北洋海军提督。通过丁汝昌传谕各管驾以下员弁，谨受指挥。马格禄是天津的一艘拖船“金龙”号的船主，并无海军背景。北洋海军的一位洋员评价他说：“彼已过中年，且以沉湎于酒著名。此老迈之耍手殆视此役为莫大之机会而跃赴之无疑，然以斯人当斯任，实为至残酷、至愚蠢之事；对于丁提督，此事尤为残酷。”自他上任后，并未为海军做出什么积极贡献。聘他任职，实是多此一举。

清末重建海军时，清政府再度邀请琅威理担任总教习，琅威理也为中国重建海军出谋划策，但终未再来中国。