1996年9月，菅直人离开先驱党，与鸠山由纪夫一起组建了民主党，两人并担任了共同代表。随后，民主党不断扩张，先后合并三个小党和自由党，成为日本政坛第二大党。菅直人成为当时日本政坛一流的雄辩家，言辞激励，语句诙谐，经常与当时的首相小泉纯一郎发生在国会上进行唇枪舌战。

1998年11月，日本著名八卦杂志《文春周刊》惊曝一则绯闻，指称菅直人与女助手、传媒界出身的女性形象分析师户野本优子关系暧昧。当时那位“敬业”的狗仔队员偷拍到了菅直人与女助手一同进入酒店房间的镜头，而且经过整夜蹲守在房间门口，又抓拍到了两人在第二天上午离开房间的照片。由于证据确凿，菅直人只好低头承认。这一绯闻让一直以清廉现象面对世人的菅直人无地自容。

菅直人此后最大一次动荡则发生在2004年。这一年，小泉内阁中的经济产业大臣中川昭一、总务大臣麻生太郎及防卫厅长官石破茂被查出长期未缴纳年金（即养老保险金）。此事曝光后，菅直人发表街头演说抨击此现象，并主张追查政治家年金缴纳情况。包括时任首相的小泉纯一郎在内，共计185名政客卷入此次年金未纳风波。菅直人本人也未能逃脱，被查出1996年1-10月未缴纳年金。丑闻爆发后，时任小泉内阁官房长官的福田康夫引咎辞职，菅直人也因“贼喊捉贼”尴尬离开了民主党党首位置。不过，年金问题在老龄化日趋严重的日本已是痼疾，“比起其他人来说，日本民众并不觉得菅直人的丑闻有什么不可原谅”。

2009年9月5日，菅直人出任新设的“国家战略局”担当大臣并兼任副首相。2010年1月5日,原财政大臣藤井裕久因高血压和过度疲劳入院治疗后提出了辞职,他担任财务大臣一职还不足4个月。菅直人继任财政大臣。接任财相后，菅直人就近取材，把突破口放在了财务省身上。

鸠山由纪夫2010年6月2日宣布由于在处理美军驻日普天间机场等问题上不力，他将辞去首相职务，民主党干事长小泽一郎一并辞职。“普天间事件”除了宣告鸠山内阁的外交政策破产外，更深化了日本国民“民主党政权缺乏执政能力”的印象。菅直人当天明确表示将参与4日民主党新代表（党首）的竞逐。2010年6月，在众议院大选之前，菅直人还专程飞往伦敦，考察了英国的副大臣制度，并在民主党获得政权后，实现了这一制度。

2010年6月4日参众两院各自的全体会议上，菅直人分别以123票对71票，313票对116票的巨大优势战胜了自民党党首谷垣祯一，当选日本第94任、第61位首相。这次参选，菅直人得到了外相冈田克也、国土交通大臣前原诚司等本可能成为其竞选对手的大臣支持。当天日本民主党举行党代表(党首)选举，当地时间4日12时（北京时间4日上午11时左右），在菅直人成功当选新一任党代表。由于需要足够的时间进行人事调整，菅直人不打算在当天立即组阁，2010年6月8号，菅直人内阁成立。

连任党首

2010年9月14日下午，日本民主党在东京召开临时党大会，就民主党下任党代表进行选举投票。会上，两位候选人民主党前干事长小泽一郎（68岁）与时任党首、首相菅直人（63岁）发表了最终演讲，然后由民主党所属众参两院国会议员进行投票。

当地时间2010年9月14日15时39分，民主党选举管理委员会宣布，小泽一郎获得491票，菅直人获得721票。国会议员的投票加上当天凌晨起开始计票的其它党员支持者及地方议员的“地方票”，三项投票统计结果显示，菅直人票数占据优势，战胜小泽一郎，成为该任民主党代表。

面临政治危机

2011年2月17日，日本民主党内16名与首相菅直人“反目”的议员宣布，退出众议院民主党党团，但无意退出民主党。

2011年3月11号上午，菅直人在国会当众承认，他的政治资金管理团体曾经接受过外国人的政治献金。但根据日本资金规正法的规定，其政治家接受外国人政治献金是违法行为。

2011年4月26日，民主党前党首鸠山由纪夫等60多名民主党人集会，批评菅直人应对地震、海啸和核危机不力，要求他为民主党输掉地方选举承担责任。当天，在野党自由民主党在总部召开全体自民党国会议员和支部长恳谈会，誓言齐心迫使菅直人下台。2011年4月30日发布的民意调查结果显示，近八成日本民众不满首相菅直人应对地震、海啸和核事故时的领导力，超过半数地方政府官员不满菅直人应灾表现。

2011年6月1日，日本三个在野党提出“内阁不信任案”，认为首相菅直人在地震后的救灾过程中表现不称职，要求其辞职。其后，日本政府5名副部长级高官于傍晚向菅直人首相集体提出了辞职申请，表示赞同“内阁不信任案”。

2011年8月26日，日本首相、民主党党首菅直人在民主党高层干部会上正式宣布辞去党首职务。当天，64岁的日本首相菅直人在作为其辞职条件的“公债发行特例法案”和“再生能源特别措施法案”获得参院全体会议通过后正式宣布辞去首相一职。前财务大臣野田佳彦担任新一届日本首相。

2012年8月1日，日本东京地方检察院决定以“违反原子能等规制法罪”和“业务过失伤害罪”对首相菅直人等进行立案侦查。日本国会核泄漏事故调查委员会和民间调查委员会均认定菅直人在处理核泄漏事故中存在瞎指挥问题。

2013年7月26日，菅直人因在参议院选举中支持民主党公认推荐的候选人之外的大河原雅而受到民主党处分，停止民主党党员资格3个月。后这一处分决定在26日召开的日本民主党常任干事会获得通过。

2013年7月16日，菅直人在国会召开新闻发布会，宣布将以侵害名誉为由对首相安倍晋三提起诉讼，并要求赔偿。 两位首相2013年9月26日在东京地方法院“对簿公堂”。虽然两人均未到庭，只是代理人出庭辩论，但是这一起官司依然受到关注。菅直人诉状称：2011年5月，安倍曾经在电子杂志上发表文章说，3·11东日本大地震发生后的第二天，当时担任首相的菅直人下令向福岛核电站注入海水的情况是不实的。安倍说他所了解的情况是，东京电力公司首先向核电站注入海水，但随后被菅直人叫停，在众人劝说之下，菅直人最终才同意向核电站注入海水。文章还称，菅直人最后却隐瞒事实，并把注入海水归功于自己的“英明决断”，他应该向国民道歉并且立即辞职。起诉书认为，安倍首相的这些言论完全是虚伪的捏造，要求安倍删除文章，并予以损害赔偿。

2017年2月23日电 据日媒报道，此前，日本前首相菅直人向法院状告现任首相安倍晋三，指其损害自身名誉。这场官司从地方法院打到日本高级法院，然后又到日本最高法院。

近日，日本最高法院第三小法庭开庭作出判决，认为菅直人当时作为首相的一些指示，让东京电力公司干部理解为“应停止注入海水”，故安倍此前的表述并不构成名誉侵害，因此判菅直人败诉。

2013年11月20日，日本前首相菅直人处分到期，已重新回归民主党，但其党执行部最高顾问的官职并未恢复。不过，菅直人似乎完全没有反省，甚至高呼：“民主党将陷入难以控制的状态”。

菅直人在竞选时曾说，日美同盟关系是日本外交政策“基轴”。他说，他将根据日美两国关于驻日美军冲绳普天间基地搬迁的共同声明，努力减轻冲绳居民负担。强调中国对日本重要性，称中日关系与美日关系“同样重要”。

菅直人围绕美日同盟，以两国共同在亚太地区发挥“积极作用”为目标，菅直人以“开创亚洲外交新局面”为基本导向，本着中日关系大局，推进与中国建立战略互惠关系的步伐，促进中日两国经济、贸易以及人才等各个领域的交流。日本以“日韩合并100周年”为契机，构筑“新时代日韩关系”。

对华关系

1999年，菅直人访问中国时还专程赶赴卢沟桥抗日战争纪念馆敬献花篮，称应“前事不忘，后事之师”。在台湾问题上，他希望中国尽早实现和平统一，主张台湾是中国领土的一部分。2010年，菅直人在处理中日关系时表态：“日美同盟是日本外交基轴，另一方面，我们必须致力于亚洲地区的繁荣”，“我们将重视发展日中关系”。

2010年7月22日，菅直人在首相官邸会见了日本首位来自民间的大使丹羽宇一郎，并表示他花了大约10年的时间学习日中关系的历史，期望为发展日中关系作出努力。

日韩关系

在韩日强制合并100周年到来之际，日本首相菅直人2010年8月10日上午在内阁会议上发表谢罪谈话，对于殖民统治造成的损失和痛苦，表示再一次的痛彻反省，并由衷地表示了歉意。 菅直人是继村山富市之后第二位向日本殖民统治受害国道歉的日本首相，谈话基本沿袭了“村山谈话”的内容。

针对“普天间事件”，菅直人履行2010年5月底发表的日美联合声明，即把基地从冲绳县宜野湾市迁至名护市边野古美军施瓦布军营沿岸及附近海域，在那里填海修建跑道。这一做法引起了冲绳民众的强烈不满，并发起了多次抗议活动，要求政府将基地整个迁出冲绳县。除了在冲绳发生的美军行为不检和直升飞机坠毁事件惹怒了日本民众，还有人抱怨基地的噪声，并抗议美国将日本土地用作军事用途。菅直人为此向冲绳人民道歉。

菅直人也经常在国会内以“浪费预算”来打击官僚们为了私利而为所欲为，他不满自民党允许官僚干部们退休后还继续留在一些官方外围机构内任顾问，批评这号称为“天下”的制度宠坏了官僚们。

2009年9月14日，存在了123年的事务次官会议被民主党废止；2008年11月和2013年4月，鸠山内阁两度在网上直播国会预算审核会议，并邀请民间人士旁听，这让习惯了在国会走过场的各省官僚大为尴尬。鸠山内阁出于减少赤字的考虑，还多次提出要缩减政府预算。

菅直人在经济方面属于保守派，主张日元贬值。上世纪九十年代，日本泡沫经济破产，日本社会也逐步进入老龄化状态，内需难振。在此背景下菅直人在国会众议院全体会议上发表施政演说，表示新政权将致力于重建日本经济、财政体制和社会保障制度。

2009年11月，日本经济陷入通缩时，菅直人是负责经济事务的大臣。日本央行随后不久也承认日本经济处于通缩状态，并最终放宽政策。菅直人还呼吁日本央行将通胀目标设为1%，该水准大致与日本央行长期物价稳定的定义一致。

他曾试图向国会提交一项议案，设立财政改革目标，但还没有成功。他还敦促民主党重新审查支出计划，寻求提高消费税，不过他的观点却没能获得鸠山由纪夫的大力支持。此外，2010年1月，日本财务大臣藤井裕久辞职，鸠山任命副首相的菅直人接任，接任财务大臣后不久，菅直人表示，如果日元贬值能使出口企业获利，就可以防止经济的二次触底。他希望日元进一步贬值，并称多数日本企业希望美元兑日元保持在95日元左右。

2010年8月15日，日本民主党政权迎来执政后首个终战纪念日。2010年8月10日，菅直人内阁成员均表示不在15日参拜靖国神社。在过去几次终战纪念日中，内阁成员参拜靖国神社人数最少的是2009年的麻生内阁和2007年的安倍内阁，均为1人参拜，内阁成员无人参拜尚无先例。

2011年5月10日，菅直人在会见中指出，日本的电力发展依赖于核电和火力发电，今后要重点研究太阳能和风能等新能源，要让自然能成为日本电力的根本。这是福岛县第一核电站事故发生以来，菅直人首次表明将停止核电的发展，废除政府制定的以核电为主的能源发展计划。

2013年6月4日，菅直人参加了在加利福尼亚州圣地亚哥参加了核电站问题活动，会议中菅直人呼吁各国要尽快脱离核电。

2013年12月22日，每周五聚集在首相官邸附近要求“去核电化”的“首都圈反核电联合”在国会议事堂及首相官邸周边举行了名为“反对重启 国会大包围”的大规模集会。菅直人参加该集会，并呼吁道“政府企图让内阁会议同意重启和新设核电站，今年到明年是关键时期”。

菅直人被指“无能”

“救灾不力”，是三大在野党集体“反政府”的主要原因。“内阁不信任决议案”称，菅直人内阁在日本遭遇“国难”后救灾方针模糊，引发混乱。

“菅直人内阁在国难之际缺乏明确政治方针，一直处于混乱状态，这给日本灾后重建构成巨大障碍。”决议案称。

决议案还称，地震后菅直人频频出现伤害灾民和相关人士的言论，乱设救灾机构，并做出类似“朝野联合政权”等“不成熟”的呼吁，“这充分表明了菅直人缺乏执政能力。”

枝野幸男高度评价菅直人政绩

菅直人政权成立一周年之际， 官房长官高度评价其政绩。日本官房长官枝野幸男2011年6月7日在记者招待会上对菅直人政府的政绩进行了评价。枝野幸男称，“日美关系显著改善。日本菅直人政权成立一周年 官房长官高度评价其政绩地方自治权及防卫大纲等问题也取得了一定进展”。

中曾根康弘评菅直人

日本国内普遍认为，其政绩乏善可陈。中曾根康弘指出，菅直人内阁是没有过去和未来的政权，菅直人以市民主义为中心的政权思想没有继承历史和文化传统，同时缺乏目标和理想，也没有远见和指导能力，特别是很多主张一味迎合国民，只为延长政权寿命。他还认为，民主党政权经验不足，菅直人内阁缺少辅佐首相的政治家、评论家、精英学者。

日本首相大多非富即贵，世袭政治和派阀争斗几乎成了日本的一个传统。2010年6月8日上任的日本前首相菅直人似乎正改写日本政坛的历史，按任职后百日内公示财产的法律要求，在公布出来的日本菅直人内阁18名成员的个人财产状况表中，首相菅直人的报表颇为简单，他不持股票，也没有高尔夫球员会员卡，只有一笔395万日元的定期存款，和一套两室一厅的公寓，公寓的官方估价是518万日元。菅直人继承有其父生前留下的山林，但基本上都被他捐出去作公共用途，官方估价近乎于零。 首相夫人也有笔定期存款，其金额为1000万日元，持有50万日元的国债，购有一辆价值100多万日元的汽车。加上配偶资产，菅直人报上的资产有2240万日元，折合人民币约合170万，美元25.6万。

菅直人出身工人之家，一直奋斗到官拜一国之相，却依然在个人财富上没有实现“三年清知府，十万雪花银”的突破。有人戏称其属“贫下中农”。在菅直人之前，鸠山家底过90亿日元，麻生超4亿，安倍也是过1亿，福田康夫虽不到亿元级，但也有8000万日元。日本人均外汇储备高达7783美元、民间流动性外汇资产超过3万亿美元、人均GDP为42480美元，是世界排名前列的富国。菅直人这等身家，在日本真算得上是“最穷首相”。

2004年，菅直人承认自己在担任厚生大臣期间有10个月没有缴纳养老金，这一丑闻导致他不得不辞去了民主党首的职务，并剃光了头，身穿和尚的衣服参拜了88座寺院以示赎罪。

2011年9月初下台的日本前首相菅直人于10月2日再度踏上巡访日本四国地区88处名刹的“朝拜之旅”。10月9日他拜访了香川县云边寺，在一处佛经大殿诵经，为3月大地震遇难者祈福，并祈求福岛核事故早日得到妥善处理。

2014年11月，日本众院大选在即，各众院议员候选人都在努力拉票。2014年11月26日早7时，68岁的前首相菅直人手持一把塑料伞，冒雨出现在东京都府中市路边，卖力地进行街头演讲，但长达一个多小时的演讲几乎无人驻足倾听。

菅直人在演讲中将首相安倍晋三比作“二战”头号战犯希特勒。菅直人演讲期间，路人大都视若无睹匆匆而过，上前与他握手的只有两人，一个是菅直人旧识，另一个是女大学生。即使如此，菅直人演讲结束后对周边数名记者说：“深切感受到大家的支持。”《产经新闻》调侃说，前首相展现出“谜一样的自信”。