清崇德元年（1636年），皇太极创立“蒙古衙门”（满语：ᠮᠣᠩᡤᠣ ᠵᡠᡵᡤᠠᠨ，转写：Monggo jurgan），崇德3年（1639年），扩编为“理藩院”；随着帝国疆土日渐扩张，理藩院成为管理蒙古、西藏、青海、新疆以及西南少数民族事务的行政机关，并兼理对俄罗斯帝国的事务。顺治16年（1659年），礼部尚书（今外交部长）兼管理藩院事务，两年后理藩院官制又与六部同位阶。光绪32年（1906年），因清末新政的改革官制，理藩院改为理藩部。