最早在光绪9年（1883年），澎湖通判李嘉棠奉李鸿章之命，在当地内建造防御炮台。但未能安装新式大炮，因此在后来的中法战争中未能发挥作用。战后，台湾巡抚刘铭传开始筹建炮台，光绪12年（1886年）由澎湖总兵吴宏洛开始兴建，光绪15年完工使用，为当时在澎湖兴建的四座炮台之一，并曾在甲午战争期间发挥作用。日本时代，仍继续使用此炮台，并加以增修，战后国军亦加以整建运用，1992年被指定为一级古迹。

西屿东台整体呈方形，东西向长、南北向短，占地约一点三公顷，结构包括堡门与土垣、内壕沟、子墙、内垣广场、兵房、外垣广场、炮座与外垣壕沟等，炮座及兵房等设施采凹下式作法，能与当地地形环境相配合。