明朝洪武元年（公元1368年）改元代益都路为青州府，辖潍州、莒州、胶州三个州和益都、临淄、博兴、寿光、昌乐、临朐、安丘、诸城、蒙阴、沂水、日照、昌邑、高密、即墨、高苑、乐安（广饶）16个县。后将潍州、胶州、高密、昌邑、即墨划归莱州府，仍领13县1州。府的长官为知府，另设同知、府判等官。知府掌管“一府之政，宣风化、平狱讼、均赋役”，同知为知府的副职，通判仅负责粮运及农田水利之事。

清初，青州府下辖益都、临淄、博兴、高苑、乐安、寿光、临朐、安丘、昌乐、诸城、沂水、日照、蒙阴等13县，并辖安东卫和沂州。雍正年间，设立沂州府，析出沂水、日照、蒙阴和安东卫归属之。同时，析出益都县的颜神镇和孝妇、怀德两乡，成立博山县。青州府仍辖11县。府署有知府、同知、通判等官员。